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La Encrucijada est le nom donné par Miguel Álvarez del Toro, un naturaliste mexicain qui a promu la connaissance de la faune de l'État du Chiapas. Inspiré par la biodiversité et les paysages de l'îlot appelé "La Encrucijada", actuellement appelé Koakespala. Il a été intégré au réseau mondial des réserves de biosphère de l'UNESCO en 2006, pour sa richesse en espèces de faune et de flore, l'utilisation des ressources naturelles par les communautés locales et pour être une zone de régulation des ressources hydrologiques.

C'est également une zone humide d'importance internationale pour les oiseaux, un site Ramsar depuis 1996. Il abrite la dernière population de singes-araignées de la côte Pacifique du Mexique (Ateles geoffroyi) et la plus importante communauté de mammifères (93 espèces) de la côte du Chiapas.

Dans la réserve de biosphère pousse la seule forêt de Zapotonales (Pachira acuatica) du Mexique. Cette communauté végétale se caractérise par une hauteur d'environ 20 m, adaptée à la vie semi-aquatique, occupant des terrains marécageux, formant une forêt flottante sur un faux plancher de matière organique produite et retenue.

On y trouve les mangroves les plus hautes du Mexique, qui atteignent une hauteur de 20 à 35 mètres. Les quatre espèces de palétuviers présentes sont le palétuvier rouge (Rizophora mangle), le palétuvier noir (Avicennia germinans), le palétuvier blanc (Laguncularia racemosa) et le palétuvier à bouton (Conocarpus erectus), qui appartiennent tous à la catégorie des espèces menacées au Mexique.

Il fournit des sites d'alimentation, d'abri et de reproduction à 68 espèces de chauves-souris, dont 13 sont classées dans une catégorie de risque. Elles présentent un intérêt de conservation national ou régional pour la pollinisation de nombreuses espèces de flore et la lutte contre les insectes pour le fonctionnement de l'écosystème. 

La réserve compte 64 communautés humaines qui dépendent des ressources naturelles de la région pour leur subsistance. Ils développent des activités productives telles que l'agriculture, l'élevage et la pêche, et fournissent également des services touristiques aux visiteurs locaux, nationaux et étrangers.

Les communautés actuelles font un usage traditionnel du palmier royal (Sabal mexicana), du palétuvier rouge (R. mangle) et du palétuvier blanc (L. racemosa) pour le combustible, la construction et la reconstruction de leurs maisons, les abris temporaires, les poteaux des enclos rustiques pour l'élevage de crevettes et pour la plantation de leurs filets dans l'eau.

Le programme MAB de l'UNESCO, en collaboration avec CONANP, a lancé un projet de conservation et de restauration des mangroves dans la réserve de biosphère de La Encrucijada. Financé par le gouvernement des Flandres du Royaume de Belgique et soutenu par l'Organisme autonome des parcs nationaux (OAPN) d'Espagne. Le projet MangRes évaluera l'état actuel des écosystèmes de mangrove et concevra des actions de conservation et de restauration, fondées sur des preuves scientifiques et sur les connaissances locales et indigènes, afin d'atteindre les objectifs de la Décennie des Nations unies pour la restauration des écosystèmes (2021-2030).